Kuyucu Murat Paşa, Osmanlı İmparatorluğu’nun önemli devlet adamlarından biridir. Doğum tarihi ve yeri kesin olarak bilinmemekle birlikte, vefatı sırasında yaşının doksanı geçtiği kaydedildiği için (1522) yılı dolayında doğduğu tahmin edilmektedir. Koca lakabıyla da anılan Kuyucu Murat Paşa’nın Hırvat asıllı olduğu belirtilir. Devşirme usulüyle saraya alındı ve burada yetişti. Kanuni Sultan Süleyman’ın son yıllarında Yemen beylerbeyi olan (1560-1565) Mahmud Paşa’ya intisap ederek kethüdâlığını yaptı. Onun Mısır valiliği sırasında da yanında bulunup mirlivâlık ve emîr-i haclık vazifelerini ifa etti. Bu arada Mahmud Paşa’nın kızıyla evlendi (Âlî Mustafa, vr. 362b).
1554’te Mısır valisi Mahmud Paşa’nın yanında kethüda olarak görev yaptı ve aynı yıl Mısır’da sancakbeyi oldu. Bu görevindeki başarısından dolayı Mısır emir eri görevine getirildi. 1571’de gerçekleşen Yemen Seferi’nde Koca Sinan Paşa ile birlikte büyük işler başardı. 1576’da Yemen Beylerbeyi oldu ve dört yıl süresince Yemen’de önemli imar faaliyetlerine imza attı. Ancak, Yemen’de haksız yere büyük servet kazandığı söylentileri üzerine 1580 yılında bu görevden azledilerek İstanbul’a çağrıldı ve Yedikule Zindanında bir süre tutuklu kaldı. Daha sonra affedilip Trablusşam beylerbeyiliğine gönderildi ve ardından Karahisarışarkî sancağı tevcih edildi.
(1585) Serdar Osman Paşa’nın (Özdemiroğlu) Tebriz Seferi’ne Karaman beylerbeyi olarak katıldı. Hamza Mirza idaresindeki Safevî kuvvetleriyle yapılan muharebede atıyla birlikte bir kuyuya düşerek esir alındı ve Alamut (Kahkaha) Kalesi’ne hapsedildi (Selânikî, s. 162). 1590 yılında imzalanan Osmanlı-Safevî Antlaşması sonrasında serbest bırakılarak İstanbul’a döndü.
Aynı yıl Kıbrıs beylerbeyiliğine, iki sene sonra 1592 Şubatında Trablusşam’a, haziran ayında tekrar Kıbrıs’a tayin edildi. 1594 yılında Şam beylerbeyi olan Murat Paşa, 1595’te Diyarbekir beylerbeyiliğine getirildi. Bu sırada devam etmekte olan Avusturya savaşlarına katıldı ve Haçova Meydan Savaşı’nda büyük yararlılık gösterdi. 1599’da imparatorluk temsilcileriyle barış görüşmeleri yapan Osmanlı heyetinde görev aldı. Rumeli eyaletiyle beraber Budin muhafazasıyla görevlendirildi. I. Ahmed’in cülûsunun ardından 10 Kasım 1605’te dördüncü vezirliğe getirildi. Uzun süreden beri Avusturya cephesinde bulunduğundan kendisine Lala Mehmed Paşa tarafından Macaristan serdarlığı verildi. Bu görevde Budin ve Belgrad kalelerinin muhafazasına çalıştı ve barış görüşmelerini geliştirdi. Onun riyâsetinde yürütülen müzakereler neticesinde Zitvatorok Antlaşması imzalandı (11 Kasım 1606).
Bu arada Anadolu’da Celâlî isyanları alevlenmiş ve Bursa’yı tehdit eder hale gelmişti. Serdar Ferhad Paşa’nın Konya ve Kayseri’den başarısızlık haberlerinin gelmesi üzerine Vezîriâzam Derviş Paşa sorumlu tutuldu. Şeyhülislâm Sun‘ullah Efendi ve Muallim-i Sultânî Mustafa Efendi’nin tesir ve telkinleriyle azl ve idam edilen Derviş Paşa’nın yerine Sun‘ullah Efendi’nin tavsiyesiyle Murat Paşa tayin edildi (11 Aralık 1606). Sadâret mührünü Belgrad’da alan Murat Paşa İstanbul’a dönerek Anadolu’daki Celâlîler’e karşı hazırlık yapmaya başladı. İlk hedefi Suriye bölgesinde isyan eden Canbolatoğlu Ali Paşa oldu.
Temmuz 1607’de harekete geçen Murat Paşa, geçtiği bölgelerdeki irili ufaklı âsileri ortadan kaldırarak ilerlemeye başladı. Adapazarı civarında eşkıyalık yapan Parmaksız lakaplı şahsı ve etrafındakileri dağıtması ilk faaliyeti olarak gösterilir (Topçular Kâtibi Abdülkadir [Kadrî] Efendi Târihi, s. 395). Bursa ve havalisini tehdit eden Kalenderoğlu’na Ankara sancak beyliğini vererek Orta Anadolu’yu sükûna kavuşturup arkasını emniyete aldı ve Konya, Lârende, İçel, Adana üzerinden Canbolatoğlu üzerine yürüdü. Konya’ya ulaştıktan sonra eski Celâlî Saraçoğlu’nu, Adana yöresinde faaliyet gösterip Canbolatoğlu ile ittifak halinde olan Cemşîd’i ve daha başka âsi gruplarını ortadan kaldırdı. Canbolatoğlu’nun Bakras Boğazı’nda mevzilenerek kendini beklediğini öğrenen Murat Paşa, eski bir Celâlî olan Maraş Beylerbeyi Zülfikar Paşa’nın da orduya katılmasından sonra uzun bir yoldan dolaşarak İskenderun havalisindeki Beylan (Belen) Boğazı’ndan geçerek Oruç ovasına indi. Çatışmalar 23 Ekim 1607 günü başladı ve esas savaş ertesi günü cereyan etti. Murat Paşa, Lübnanlı Dürzî lideri Ma‘noğlu Fahreddin ile birlikte hareket eden Canbolatoğlu’nun kuvvetlerini bozguna uğrattı. Canbolatoğlu, önce Kilis’e, oradan Halep’e kaçtı. Burada tutunamayacağını anlayınca az sayıda maiyetiyle birlikte İstanbul’a gelerek padişaha sığındı. Murat Paşa, Canbolatoğlu’nun kaçan kuvvetlerini takip ve imha ederek Halep’e girdi ve kışı burada geçirdi.
Murat Paşa, daha sonra kendisine Ankara sancak beyliği verilen, fakat şehre sokulmayınca burayı kuşatan ve üzerine gönderilen Tekeli Mehmed Paşa’yı bozguna uğratan, ardından da Bursa ve yöresini yağmalayan Kalenderoğlu üzerine yürüdü. Muslu Çavuş’a İçel sancağını tevcih ederek onun Kalenderoğlu ile olabilecek ittifakını önledi ve Göksun yaylasında mevzilenen Kalenderoğlu’nu Alaçayır mevkiinde cereyan eden savaşta yenilgiye uğrattı (Ağustos 1608). Kalenderoğlu ve takipçileri savaş meydanından kaçtı. Murat Paşa, Kalenderoğlu’nun peşine düşerek birçok isyancıyı ortadan kaldırdı.
Bu arada Anadolu’daki diğer Celâlîler’i de bertaraf etmek için faaliyetlerine devam eden Murat Paşa, 1609’da İran üzerine sefer düzenleyeceği söylentisiyle âsileri sefer bahanesiyle davet edip onları ortadan kaldırmayı planladı. Kışı sefer hazırlığı ile geçiren Murat Paşa, bu sırada Celâlî isyanları yüzünden durma noktasına gelen iktisadî ve sosyal hayatı canlandırmak için çalışmalara başladı. Bir adâletnâme yayımlayarak özellikle devlet görevlilerinin reâyâya zulmetmemelerini, böylece yerlerini terk eden ahalinin tekrar yurtlarına dönmelerini sağlamaya çalıştı.
Murat Paşa, 1610’da doğrudan doğruya İran üzerine yürüdü. Şah Abbas’ın Tebriz’de beklediğini öğrenince Erzurum’dan Hasan Kal‘ası, Çaldıran, Hoy yoluyla Tebriz’e ilerledi. İki ordu Tebriz’in kuzeyinde Acıçay mevkiinde karşı karşıya geldi, ancak çatışma olmadı. Murat Paşa, kış mevsiminin yaklaşması, mühimmat ve erzak sıkıntısı yüzünden Ahlat, Van, Bitlis yoluyla Diyarbekir’e döndü ve kışı burada geçirdi. Şah ile mektuplaşmalar devam etti. Kışı Diyarbekir’de geçiren Murat Paşa, yeni sefer hazırlıkları yaparken (5 Ağustos 1611) Cülek’te vefat etti. Rivayete göre Nasuh Paşa tarafından zehirletilmiş olabilir. Cenazesi Diyarbekir’de muvakkaten defnedildi, ardından İstanbul Vezneciler’deki medresesi bitişiğindeki türbesine nakledildi.
Kuyucu Murat Paşa, Osmanlı devlet nizamına ve geleneklerine bağlı bir devlet adamıydı. Dindar kişiliğine rağmen Celâlîler’i ortadan kaldırmada sert ve acımasız yöntemler kullandığı, bu süreçte 60-70.000 civarında Celâlî’yi öldürdüğü ve öldürdüğü âsileri kuyulara doldurduğu rivayet edilir. Nakşibendî tarikatına mensup olan Murat Paşa, hac farîzasını yerine getirmiştir. “Koca” lakabı yaşının ileri olmasından, “Kuyucu” lakabı ise âsileri kuyulara doldurmasından veya Tebriz Seferi’nde kuyuya düşüp esir olmasından kaynaklanır. 9 Ekim 1609’da Sultan Ahmed Camii’nin temeli atılırken ilk kazmayı vuran devlet ricâli arasında Kuyucu Murat Paşa da vardı. Vezneciler semtinde medresesi, türbesi, sebil ve çarşısı sağlığında inşa edilmiştir.
Kuyucu Murat Paşa Külliyesi; İstanbul Suriçi Beyazıt Vezneciler caddesine cepheli olarak 1610 tarihinde inşa edilmişti