Safiye Valide Sultan, 1550 yılında dünyaya geldiği tahmin edilmektedir. Hangi millete mensup olduğu hususu tartışmalı olmakla birlikte dönemin Venedik kaynaklarında Arnavut asıllı olup Dukakin’de Rezi köyünde doğduğu belirtilir. 1573-1578 yılları arasında İstanbul’da bulunan Stephan Gerlach ise onu Bosna asıllı diye tanıtır ve daha şehzadelik yıllarında Manisa’da bulunan Murad’a Ferhad Paşa tarafından hediye edildiğini yazar . Babasının Korfu valisi, asıl adının Cecilia Baffo olduğu, Venedik’le Korfu arasında seyahat ederken Adriyatik denizinde Osmanlı korsanları tarafından kaçırılıp Manisa sancak beyi Şehzade Murad’a takdim edildiği şeklindeki yaygın bilgi ise doğru olmayıp Nurbânû Sultan ile karıştırılmasından kaynaklanmıştır.
Venedik kaynaklarına göre 1563’te on üç yaşında iken Şehzade Murad’a takdim edildi ve (26 Mayıs 1566) Manisa’da Şehzade Mehmed’i dünyaya getirdi. 1574’te III. Murad tahta geçince annesi Nurbânû Vâlide Sultan ile Safiye Sultan arasında çekişme başladı. Bu çekişmeye Nurbânû tarafında katılan kızları İsmihan ve Gevherhan ile Kanûnî Sultan Süleyman’ın kızı Mihrimah sultanlar Safiye Sultan’ı padişahın gözünden düşürmek için çaba gösterdiler. Zira şehzadeliği sırasında Murad’ın Safiye Sultan’ın dışında bir kadını olmamıştı. Ancak Nurbânû ve kızlarının padişaha güzel câriyeler sunması her ne kadar padişahın ilgisini Safiye Sultan’dan uzaklaştırmak amacıyla izah edilirse de bu aynı zamanda hânedanın devamını sağlamak üzere şehzade sayısını arttırmakla da alâkalı olmalıdır.
Âlî Mustafa Efendi, Safiye Sultan’ın III. Murad’ın nikâhlı karısı olduğunu ifade eder; fakat özellikle yabancı kaynaklar göz önünde tutulduğunda bunun doğru olmaması gerekir. Safiye Sultan, söz konusu rakiplerinin ölümünden sonra 1585’ten itibaren haremin hâkimi olabildi; bununla da yetinmeyip devlet işlerine müdahale etmeye başladı. Saraydaki en büyük destekçileri bir Macar mühtedisi olan Bâbüssaâde Ağası Gazanfer Ağa ile Bostancıbaşı Ferhad Ağa idi. Safiye Sultan’ın bu sınırsız gücü sadrazamları ve diğer devlet adamlarını rahatsız ediyordu.
(1595) yılında III. Murad’ın vefatı ve oğlu III. Mehmed’in tahta geçmesiyle birlikte vâlide sultan olarak devlet içindeki konumu daha da güçlendi. Kocasına ve onun ölümünden sonra çevresindeki diğer tehlikelere karşı oğlunu korumaya çalıştı. Nitekim III. Mehmed’in büyük oğlu Mahmud’un annesinin girişimiyle tahta geçme planları yaptığı gerekçesiyle hem onun hem annesinin öldürülmesini sağlamıştı. III. Mehmed önemli konularda kendisine danışırdı. Nurbânû Vâlide Sultan günlük 2000 akçe alırken oğlu onun maaşını günlük 3000 akçeye çıkardı ve bu maaş oğlunun ölümünden sonra gönderildiği Eski Saray’da da kendisine ödendi. Devlet adamlarından rüşvet ve hediyeler alarak memuriyetlere tayinlerinde başrolü oynadı. Halk ve memurlar devlet işlerindeki bu etkin rolünü bildiği için işlerini gördürebilmek amacıyla ona başvurur, hatta bazan arabasının önünü kesip bu gibi konularda isteklerde bulunurdu. Sadrazamdan şeyhülislâma kadar bütün azil ve tayinlerde, devlet işlerinin yürütülmesinde birinci derecede etkili oldu. (1596) yılında Eğri seferine çıkan III. Mehmed, 1 milyar akçelik bir hazineyi annesinin kullanımına verdi. Bu sırada İstanbul’daki azil ve tayinlerle devlet işleri onun doğrudan müdahalesine daha açık bir duruma geldi. Ancak söz konusu müdahaleler onun sevilmeyen bir insan olmasına ve merkezde pek çok düşman kazanmasına sebep oldu. Eğri Kalesi’nin fetih haberinin İstanbul’a ulaşması üzerine fakirlere, yetim ve dullara sadaka dağıttı.
Safiye Sultan sadece devletin iç işlerine değil dış işlerine de müdahale etmekteydi. Bu anlamda yabancı hükümdarlarla doğrudan mektuplaştığı ve diplomatik ilişkiye girdiği bilinmektedir. İngiltere Kraliçesi I. Elizabeth ona 1593’te mücevherlerle işlenmiş bir portresini, o da kraliçeye gümüş işlemeli elbise ve kemerle altın işlemeli iki mendil gönderdi. Bu hediyeleşmeler daha sonra onun vâlide sultanlığı döneminde de sürdü; kraliçenin sunduğu bir arabaya elbise, kuşak, gümüş işlemeli iki havlu, üç mendil, yakut ve inci ile bezenmiş bir taçla mukabele etti. İngiltere elçisi Edward Barton da vâlide sultana verdiği hediyeler sayesinde İstanbul’daki tayinlerde etkin rol oynadı. Nitekim bu ilişkiler ve hediyeler etkisini gösterecek ve Safiye Sultan âdeta kraliçenin saraydaki en büyük destekçisi olacaktı.
Dış politikada kayınvâlidesi Nurbânû gibi Venedik yanlısı bir tutum izledi. Şüphesiz bu siyasette Venedik elçilerinin kendisine sunduğu zengin hediyelerin payı vardır. Safiye Sultan’ın Venedik’e desteği, kendisine verilen rüşvet ve hediyeler dönemin İstanbul elçilerinin raporlarına kadar yansımıştır. Onun sözünü tutan güvenilir bir kadın olduğunu ifade eden Venedik elçisi Matteo Zane, elçilerin kendisine hediye vermesini beklemeden kendisinin almak istediği şeyi onlardan talep ettiğini belirtir. Venedik, Safiye Sultan sayesinde ikili ilişkilerde ortaya çıkan pek çok tehlikeyi büyümeden atlattı. Vâlide sultan, elçiliklerle olan irtibatını yakın hizmetkârı (Kira Kadın) yahudi Esparanzo Malchi vasıtasıyla sağlamaktaydı. İşleyen rüşvet çarkının da merkezinde olan Esparanzo, bu sayede büyük bir servete sahip oldu; İstanbul Gümrüğü’nü iltizamla aldı ve karşılığında verdiği kalp akçe yüzünden (1 Nisan 1600) hassa sipahilerinin çıkardığı bir isyanda oğluyla birlikte feci şekilde öldürüldü. Âsilerin bu işte büyük payı olduğunu düşündükleri Safiye Sultan ise bu bâdireden zorlukla yakasını kurtardı. Zira padişah annesini uyaracağını söyleyerek isyancıları ancak yatıştırabildi.
Safiye Sultan, Şeyhülislâm Sun‘ullah Efendi ile Yemişçi Hasan Paşa arasındaki çekişme neticesinde huzursuzlukları giderek artan kesimlerin (1603) çıkardığı karışıklıklar sırasında da zor durumda kaldı. Âsiler onun sürgüne yollanmasını istedilerse de yakın adamları Kapıağası Gazanfer Ağa ile Dârüssaâde Ağası Osman Ağa’yı öldürtüp onlara teslim etmek zorunda kalan III. Mehmed bu şekilde askeri yatıştırdı. Daha sonra Safiye Sultan, Vezîriâzam Yemişçi Hasan Paşa ile anlaşmazlığa düştü ve onun idamını sağladı. Bu sırada torunu Şehzade Mahmud’un annesinin padişaha karşı komplosunu ortaya çıkardığı gerekçesiyle oğlu nezdinde tekrar itibar kazandı (1603). III. Mehmed’in 1603’te ölümü üzerine Eski Saray’a gönderilen Safiye Sultan Ocak 1619’da ölünceye kadar burada yaşadı. Vefatında III. Murad Türbesi’ne defnedildi. III. Mehmed dışında küçük yaşta ölen bir oğlu ile Ayşe ve Fatma isimlerinde iki kızı tesbit edilmektedir. Dönemin yabancı müşahitleri onu zeki, akıllı, zarif, hazırcevap, gayet mağrur, basiretli, uyanık ve sabırlı bir insan olarak tasvir eder.
Safiye Sultan, (9 Nisan 1598) tarihinde Eminönü’ndeki Yenicami’nin inşasını bir törenle başlattı; ancak oğlu ölüp kendisi Eski Saray’a nakledilince epeyce ilerlemiş olan külliyenin inşası yarım kaldı. 1665’te Turhan Sultan zamanında tamamlanan bu caminin dışında Üsküdar’da Karamanlı köyünde bir cami ve çeşme yaptırdı; kocasının türbesinde Kur’an okunması için bir vakıf kurdu. Fatih’te Âşıkpaşa mahallesinde bulunan İmam Gazzâlî neslinden bir zatın mezarı üzerinde türbe inşa ettirdi. Dâvud Paşa sahasında bir kasır yaptırdı. Zaman zaman III. Mehmed’le birlikte burada oturuyor ve ziyafetler tertip ediyordu. Ayrıca 1598’de kendi adıyla anılan bir medrese ve (1610) yılında Kahire’de kölesi Osman Ağa nezâretinde Melike Safiye Camii adıyla da anılan camiyi inşa ettirdi. Bunların dışında savaş dönemlerinde ordunun giderlerine harcanmak üzere kendi malından bağışlarda bulunur, borcundan dolayı zor durumda kalanların borçlarını öder ve seyahatlerinde geçtiği yerlerdeki fakirlere sadaka dağıtırdı.