1228 yılında İsfahan seferine katılan Baycu, bu dönemde Cormagon Noyan’ın himayesi altındaydı ve Kafkasya bölgesinde Moğolların hâkimiyetini pekiştirmek için çeşitli görevler üstlenmiştir. 1241 yılında Cormagon Noyan’ın hastalanması üzerine, Moğolların Mugan’daki ordusunun komutanlığına getirildi. Bu görevle birlikte Baycu, Moğol ordusunun batıdaki en önemli liderlerinden biri haline geldi ve Anadolu’ya yönelik seferlerin yönetimini üstlendi.

Anadolu’daki faaliyetleri sırasında, Baba İshak Ayaklanması sonrası Selçuklu Devleti’nin zayıflığını fark eden Baycu Noyan, 30.000 kişilik bir ordu toplayarak bölgeye ilerlemeye başladı. 1242 yılının sonbaharında Erzurum’u kuşatarak kısa sürede ele geçirdi ve şehri yağmalayarak surlarını yıktırdı. Bu zaferin ardından, 1243 yılında Kösedağ Muharebesi’nde II. Gıyaseddin Keyhüsrev komutasındaki Selçuklu ordusunu bozguna uğrattı. Bu yenilgi, Anadolu Selçuklu Devleti’ni Moğollara bağlı bir devlet haline getirdi.

Kösedağ zaferinden sonra Baycu Noyan, Selçuklu topraklarında Sivas, Tokat, Kayseri ve Erzincan gibi şehirleri ele geçirerek büyük bir yıkım gerçekleştirdi. Bu süreçte, Anadolu’da Moğol etkisi hızla yayılırken Baycu Noyan, hem korkulan hem de stratejik hamleleriyle tanınan bir komutan haline geldi.

1245 yılında Ahlat ve Diyarbakır’ı ele geçirerek Moğol egemenliğini genişleten Baycu Noyan, 1246 yılında Güyük Han tarafından görevden alınmış ve yerine Eljigidei atanmıştır. Ancak, 1251 yılında Möngke Han’ın tahta geçmesiyle birlikte, Baycu yeniden İran’daki Moğol ordularının komutanlığına getirilmiştir. İran ve çevresindeki askeri faaliyetlerini sürdüren Baycu, bu dönemde Moğol ordularının bölgedeki hâkimiyetini pekiştirmiştir.

Baycu Noyan’ın ölümü, Moğol İmparatorluğu içindeki siyasi çekişmelerin ve güç mücadelelerinin bir sonucu olarak gerçekleşmiştir. 1255 yılında Hülâgû Han’ın Batı seferi sırasında Baycu’nun otoritesi ciddi şekilde sarsılmıştır. Bazı kaynaklara göre, Hülâgû Han’a katılmakta tereddüt etmesi ve Abbâsî Halifesi Al-Musta’sim ile gizli yazışmalar yapması nedeniyle Hülâgû tarafından idam edilmiştir. Diğer kaynaklar, Baycu’nun Moğol ordusu içindeki güç dengelerinde Hülâgû’ya tehdit oluşturduğunu ve bu nedenle ortadan kaldırıldığını öne sürmektedir.

Baycu Noyan, Moğol İmparatorluğu’nun Anadolu’daki etkinliğini artıran ve Selçuklu Devleti üzerinde Moğol boyunduruğunu kuran stratejileriyle tarihe geçmiştir. Modern dönemde, Türk televizyon dizisi Diriliş: Ertuğrulda Barış Bağcı tarafından canlandırılmıştır. Dizideki karakter, Baycu’nun gerçek tarihsel kişiliğinden ziyade dramatik bir yorumdur.

Baycu Noyan, hem Moğol ordusunun disiplinini hem de bölgedeki askeri stratejilerini yansıtan bir figür olarak, 13. yüzyılın en etkili askeri liderlerinden biri olarak anılmaktadır. Ölümü, Moğol İmparatorluğu’nun Batı’daki askeri ve siyasi stratejilerinde önemli bir dönüm noktası olmuştur.